Liens génétiques révélés entre le COVID-19 sévère et d’autres maladies

Last Updated on avril 30, 2022 by Joseph Gut – thasso

30 avril, 2022 – Dans un rapport très récent publié dans PLoS Genetics par le Dr Verma du Caporal Michael Crescenz VA Medical Center à Philadelphie, Pennsylvanie, États-Unis, et ses collègues, de nouvelles données du Veterans Affairs Million Veteran Program (MVP) ont découvert des liens génétiques entre COVID-19 maladie, la gravité de la maladie, et certaines conditions médicales qui sont des facteurs de risque connus de COVID-19 sévère.

Certaines personnes atteintes de COVID-19 vivent la maladie plus gravement que d’autres. Des recherches antérieures ont identifié certaines variantes de gènes humains spécifiques qui sont associées à une personne souffrant d’une maladie COVID-19 plus grave. Certaines de ces variantes peuvent également être associées à d’autres conditions médicales qui peuvent déjà être bien comprises; l’identification de ces variantes partagées pourrait améliorer la compréhension de la maladie COVID-19 et éclairer de nouvelles voies potentielles de traitement.

Pour identifier les variantes partagées, les chercheurs ont utilisé un ensemble de données sans précédent d’informations génotypiques liées aux données des dossiers de santé électroniques (DSE) pour plus de 650 000 anciens combattants américains. Ils ont mené un type d’analyse connue sous le nom d’étude d’association à l’échelle du phénome (PheWAS) pour examiner les liens entre les variantes souvent trouvées chez les vétérans qui ont subi une COVID-19 sévère et les variantes associées à une large sélection de conditions médicales. Dans l’ensemble, l’analyse a révélé que certaines variantes génétiques associées à la maladie COVID-19 sont également associées à des facteurs de risque connus pour COVID-19. Des liens particulièrement forts ont été trouvés pour les variants associés à l’embolie veineuseeuse et à la thrombose, ainsi qu’au diabète de type 2 et aux cardiopathies ischémiques, deux facteurs de risque phénotypiques connus du COVID-19. L’analyse a également trouvé des liens génétiques entre la maladie COVID-19 sévère et la neutropénie pour les anciens combattants d’ascendance africaine et hispanique; ces liens n’apparaissaient pas pour ceux d’ascendance européenne. Parmi les affections respiratoires, la fibrose pulmonaire idiopathique et la maladie pulmonaire alvéolaire chronique partageaient des liens génétiques avec la maladie COVID-19 sévère, mais pas d’autres infections respiratoires et la maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC).

Plus en détail, les auteurs ont mené cette étude PheWAS sur les variantes génétiques associées à une maladie grave (n = 35) ou à une hospitalisation (n = 42) en raison d’un COVID-19 grave en utilisant des données récapitulatives d’association à l’échelle du génome de la Host Genetics Initiative. L’analyse a été réalisée à l’aide des données génotype-phénotype du programme MVP. Les phénotypes ont été définis par les codes de la Classification internationale des maladies (CIM) associés à des groupes cliniquement pertinents à l’aide des méthodes PheWAS publiées. Parmi 658 582 vétérans, les variantes associées à la maladie COVID-19 sévère ont été testées pour l’association sur 1 559 phénotypes. Variants au locus ABO (rs495828, rs505922) associés au plus grand nombre de phénotypes (nrs495828 = 53 et nrs505922 = 59) ; association la plus forte avec l’embolie veineuse (odds ratio ORrs495828 1,33) et la thrombose (odds ratio ORrs505922 1,33). Parmi les 67 affections respiratoires testées, 11 présentaient des associations significatives, notamment le locus MUC5B (rs35705950) avec un risque accru d’alvéolite fibrosante idiopathique (rapport de cotes OR 2,83) ; CRHR1 (rs61667602) associé à un risque réduit de fibrose pulmonaire (odds ratio OR 0,84). Le locus TYK2 (rs11085727) associé à un risque réduit de maladies auto-immunes, par exemple le psoriasis (rapport de cotes OR 0,88) ou le lupus (rapport de cotes OR 0,84). PheWAS stratifié par ascendance a démontré des différences dans les associations génotype-phénotype. LMNA (rs581342) associé à une neutropénie (odds ratio OR 1,29) chez les vétérans d’ascendance africaine et hispanique mais pas européenne. Dans l’ensemble, les chercheurs ont observé une architecture génétique partagée entre la gravité de la maladie COVID-19 et les conditions liées aux facteurs de risque sous-jacents pour les résultats COVID-19 graves et médiocres. Malgré certaines limites de la méthode PheWAS, ces résultats pourraient aider à approfondir la compréhension de la COVID-19 et guider le développement de nouveaux traitements.

En conclusion, l’étude démontre la valeur et l’impact des grandes biobanques reliant les variations génétiques aux données du DSE dans la réponse de santé publique aux pandémies actuelles et futures. MVP est l’une des cohortes les plus diversifiées aux États-Unis. L’étude a abordé une occasion unique de scanner des milliers de conditions documentées avant la pandémie de COVID-19 et a révélé des informations utiles sur l’architecture génétique des facteurs de risque de COVID-19 et des complications de la maladie. Une chose qui ressortait était le nombre élevé de conditions à médiation immunitaire qui partageaient une architecture génétique avec des manifestations graves de la maladie COVID-19. La nature des associations a mis en lumière la façon dont le virus SARS-CoV2 pousse sur un point de pression dans le système immunitaire humain et son équilibre constant de lutte contre l’infection tout en maintenant un contrôle suffisant pour qu’il ne devienne pas également un processus auto-immun s’attaquant à lui-même.