Études génétiques des populations africaines sur la sensibilité aux maladies et la réponse aux vaccins et aux thérapeutiques

Last Updated on octobre 8, 2022 by Joseph Gut – thasso

04 octobre 2022 – Il y a près de 2000 ans, l’érudit romain et philosophe naturel Pline l’Ancien écrivait dans son Histoire naturelle : « Ex Africa surgit semper aliquid novi » (de l’Afrique, il y a toujours quelque chose de nouveau). Cette citation s’applique magnifiquement aux études génétiques des populations africaines car elles fournissent une ressource essentielle dans l’étude des facteurs de risque génétiques de la maladie humaine et aux nouvelles découvertes. L’Afrique est la source ultime des humains modernes et, en tant que telle, abrite plus de variations génétiques que tout autre continent.

Pour cette raison, les études des modèles de variation génétique dans les populations africaines sont essentielles pour comprendre comment les gènes affectent la variation phénotypique, y compris la prédisposition aux maladies. En outre, les modèles de variation génétique existants en Afrique sont importants pour comprendre comment la variation génétique affecte les maladies infectieuses qui constituent un problème majeur en Afrique, telles que le paludisme, la tuberculose, la schistosomiase et le VIH/SIDA. Par conséquent, élucider le rôle que joue la susceptibilité génétique aux maladies infectieuses est essentiel pour améliorer la santé des populations en Afrique. Il convient également de noter que les changements sociaux et culturels récents et en cours en Afrique subsaharienne ont augmenté la prévalence des maladies non transmissibles qui nécessiteront également des analyses génétiques pour améliorer la prévention et le traitement des maladies. Dans cette revue, nous accordons une attention particulière à de nombreuses études passées et en cours, en mettant l’accent sur celles portant sur les Africains subsahariens qui traitent du rôle de la variation génétique dans les maladies humaines. Dans une revue approfondie, une équipe d’auteurs et de chercheurs s’est penchée sur cette question. Ils montrent de manière assez détaillée comment des gènes sélectionnés peuvent influencer ou même être responsables de la susceptibilité aux phénotypes de maladies caractéristiques de diverses populations d’Afrique subsaharienne.

Quelques problèmes de sélection de l’ethnicité définitive et exemples de corrélations définitives avec la sensibilité aux maladies

Ici, nous essayons de montrer des extraits de la revue précitée afin d’illustrer les maladies infectieuses, les maladies rares, mais aussi les maladies chroniques normales, où définitivement les fonds génétiques jouent un rôle dans leur remède, ou dans la tendance à en devenir la proie. Cependant, il se peut que nous ne trouvions pas de dépendance ethnique nette. Cela a certainement à voir avec deux choses.

Premièrement, l’Afrique est une région d’une diversité génétique, linguistique et culturelle considérable. Il existe plus de 2 000 groupes ethnolinguistiques distincts, des langues parlant qui constituent près d’un tiers des langues vivantes du monde. Ces langues ont été classées en quatre grandes familles linguistiques : le nigéro-kordofanien (parlé principalement par les populations agricoles sur une large répartition géographique en Afrique), l’afro-asiatique (parlé principalement par les éleveurs et agropasteurs d’Afrique du Nord et de l’Est), le nilo-saharien (parlé principalement par des pasteurs d’Afrique orientale et centrale) et le khoisan (une langue contenant des consonnes à clic, parlée par les populations de chasseurs-cueilleurs d’Afrique australe et orientale). Ces populations vivent dans un ensemble diversifié d’environnements et de climats, y compris les forêts tropicales, la savane, le désert et les régions côtières. De plus, les populations africaines ont une histoire démographique complexe, constituée d’événements anciens et récents d’expansion et de contraction de la population, de migrations à courte et longue distance (par exemple, la migration des locuteurs bantous agricoles d’Afrique de l’Ouest à travers l’Afrique subsaharienne au cours des 4 000 dernières années et la migration des locuteurs du khoisan de l’Afrique orientale vers l’Afrique australe au cours des 20 000 à 40 000 dernières années), et d’innombrables mélanges de populations locales. Les conséquences modernes (c’est-à-dire aujourd’hui) de ces migrations peuvent être illustrées par l’exemple du Cameroun, où parmi environ 30 millions d’habitants existent 250 groupes ethniques et environ 250 langues différentes.

Deuxièmement, étant donné qu’il existe aujourd’hui des profils de signature génétique non encore définitifs pour une “ethnicité” donnée, il sera encore très difficile d’attribuer, sur la base de profils génétiques, des profils de risque pour la sensibilité des membres d’une ethnie donnée à certains phénotypes pathologiques sélectionnés et de attribuer des risques de maladie plus ou moins élevés à certaines ethnies. Pour le moment, il faudra peut-être s’en tenir aux informations sur les variations génétiques liées aux risques accrus d’individus porteurs de ces variations pour les phénotypes de la maladie, les succès de la vaccination et le succès des médicaments/thérapies; peut-être pas encore strictement liés aux ethnies mais plutôt à des groupes d’individus du même environnement local socio-économique, environnemental, culturel, linguistique et/ou comportemental.

Conformément à cette dernière estimation, il existe déjà de nombreuses études scolarisant les risques de maladie ou leur absence chez les patients de génotypes sélectionnés. Le paludisme serait un exemple. Le paludisme est un grave problème de santé en Afrique, responsable d’un décès d’enfant sur cinq. En 2006, l’OMS estimait que près de 74 % de la population africaine vivaient dans des zones d’endémie palustre, environ 19 % dans des zones sujettes aux épidémies et seulement 7 % dans des zones exemptes de paludisme. Des études sur de grandes populations portent sur la génétique complexe de la sensibilité au paludisme et plusieurs gènes ont été associés à la sensibilité au paludisme. Certains phénomènes (voies) sont essentiels au développement du paludisme manifeste, et les variantes génétiques qui perturbent ces processus peuvent protéger contre la maladie. L’invasion des érythrocytes par les parasites du paludisme est au cœur du processus de la maladie, et l’antigène du groupe sanguin Duffy, un récepteur de chimiokine exprimé dans de nombreux types de cellules et codé par le gène FY, est important car Plasmodium vivax ne peut pas infecter les individus qui n’expriment pas l’antigène Duffy. antigène, résultant en une protection complète des individus Duffy (-). Le manque d’expression de Duffy est dû à un SNP promoteur qui modifie un site de liaison pour le facteur de transcription GATA-1, ce qui empêche le parasite d’envahir les globules rouges. Plus de 97% des individus en Afrique de l’Ouest et du Centre sont Duffy (-). La date d’émergence du génotype Duffy (-) a été largement datée, de plus de 90 000 à environ 6 500 ans, (Webb 2005). Il y a eu un débat considérable pour savoir si la propagation de Duffy (-) était due à la sélection de survie des individus (au sens de Charles Darvin) en réponse à Plasmodium vivax ou si elle a évolué indépendamment et probablement plus tôt. Cette dernière hypothèse est cohérente avec une origine sud-est asiatique de P. vivax et l’évolution indépendante du génotype Duffy (-) dans toute l’Afrique. La question de savoir s’il s’est développé une corrélation stricte entre l’ethnicité et le phénotype du paludisme, en particulier lorsque l’on considère les individus vivant dans les zones sujettes aux épidémies et exemptes de paludisme susmentionnées, reste une question ouverte.

Ici, nous pouvons être conscients que les considérations ci-dessus concernant le paludisme s’appliquent également à d’autres maladies infectieuses dans toute l’Afrique telles que la tuberculose, le VIH/SIDA, la lèpre, la schistosomiase, le trachome, et même à des maladies non transmissibles telles que le diabète et l’obésité, l’hypertension, les maladies cardiovasculaires, le cancer en général, mais ensuite le cancer de la prostate, le cancer colorectal, le cancer du sein, l’immunité induite par le vaccin, et les lipides sériques (cholestérol). Seules les variantes de risque génétique candidates dans chaque cas seraient très différentes.

En faisant des études dans toute l’Afrique, il sera possible de saisir la plupart des facteurs de risque génétiques existants dans toutes les populations humaines. Il peut également être possible d’utiliser des tests génétiques simples et relativement peu coûteux pour réduire les coûts globaux des soins de santé. Il existe de nombreuses maladies endémiques en Afrique qui comportent un risque génétique important, et leur étude pourrait améliorer la santé en Afrique. Cependant, malgré les avantages et l’importance de ces études, il existe des obstacles importants à la réalisation de recherches génétiques dans un contexte africain, notamment le manque de ressources et d’infrastructures. En reconnaissance de ces facteurs, de grands efforts et initiatives sont en place pour développer les réseaux de recherche et les biobanques nécessaires pour accélérer la recherche clinique et génétique liée aux spécificités de l’Afrique. Ces initiatives incluent, mais sans s’y limiter, la African Society of Human Genetics, le African Genomic Medicine Portal (AGMP), le H3Africa Consortium (H3Africa), ou des sociétés basées en Afrique comme 53gene (53gene).

Inutile de dire que thasso a déjà eu plusieurs articles sur la génétique et les antécédents génétiques en ce qui concerne les patients africains, tels que, mais sans s’y limiter, ” ZRANB3 dans les populations africaines: nouveau locus de risque du diabète de type 2 identifié“, ou “Les individus de peau foncée aux cheveux blonds naturels – En génétique, tout est possible“, et “PAMG: Portail Africain de la Médecine Génomique“.

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